W polskiej armii podziemnej
W konspiracji działał w Warszawie, a potem w Wilnie i Białymstoku. W sierpniu 1942 roku mianowano go dowódcą Kedywu KG AK. Kedyw, czyli Kierownictwo Dywersji Komendy Głównej Armii Krajowej, było jedną z najważniejszych struktur armii podziemnej. W Kedywie m.in. planowano i organizowano akcje dywersyjne, sabotażowe i partyzanckie - zarówno w skali całego kraju, jak i poszczególnych okręgów AK. Jako szef Kedywu Fieldorf wydał rozkaz likwidacji generała SS w Warszawie Franza Kutschery. Była to jedna z najgłośniejszych akcji polskiego podziemia w czasie okupacji.
Zbliżał się koniec wojny. W kwietniu 1944 roku powierzono Fieldorfowi zadanie stworzenia konspiracyjnej organizacji "Niepodległość". Miała ona rozpocząć działania w warunkach nadchodzącej okupacji sowieckiej.
Prace nad tworzeniem "NIE" (taki kryptonim przyjęła nowa struktura) łączył Fieldorf z dalszą pracą w Armii Krajowej. W październiku 1944 roku, już jako generał brygady (awansowano go przed powstaniem warszawskim), został zastępcą dowódcy AK gen. Leopolda Okulickiego.