Walczył o "czystość rasową"
1 stycznia 1937 roku, właśnie dzięki rekomendacji Mollisona, Josef Mengele został asystentem w Instytucie Dziedziczności, Biologii i Czystości Rasowej III Rzeszy na Uniwersytecie we Frankfurcie nad Menem. W tym samym roku wstąpił do NSDAP, a rok później, jako "czysty aryjczyk", został przyjęty do SS (w tej zbrodniczej organizacji doszedł do stopnia Hauptsturmführera, odpowiadającego kapitanowi).
Aktywność na uczelni i w partii nazistowskiej łączył z pracą dla specjalnych trybunałów sądzących Żydów przyłapanych na utrzymywaniu stosunków seksualnych z Niemkami.
Raporty pisane przez Mengele stały się powodem licznych ludzkich tragedii. Mało jednak brakowało, by "walka o czystość rasową" nie pogrzebała także kariery młodego doktora. W 1939 roku Centralne Biuro do spraw Ras i Przesiedleń poddało w wątpliwość aryjskość żony Josefa, Ireny Schönbein. Choć drobiazgowe śledztwo dotyczące przodków Ireny nie przyniosło niepokojących rezultatów, małżeństwo nigdy nie zostało uznane za całkowicie "czyste rasowo".