"Dowódca zdradzał pietra"
Już kilka tygodni przed wybuchem wojny pojawiły się pierwsze sygnały, że komandor Kłoczkowski niezbyt przykłada się do obowiązków. Według niektórych świadectw jawnie krytykował dowództwo polskiej armii i ze zrozumieniem odnosił się do polityki Hitlera. W przeddzień wybuchu wojny, kiedy sytuacja była już bardzo napięta komandor zszedł na ląd, udzielając także przepustek części załogi.
Prawdopodobnie dlatego 1 września "Orzeł", jako ostatni z dywizjonu polskich okrętów podwodnych, opuścił port na Oksywiu, zajmując wyznaczony sektor bojowy w Zatoce Gdańskiej.
Już w drugim dniu wojny morale Kłoczkowskiego było bardzo słabe. "Dowódca Orła był zniechęcony, rozkapryszony mówił o bezcelowej wojnie - czyli że zdradzał wyraźnego pietra" - relacjonował kapitan Bogusław Krawczyk, kapitan innego okrętu podwodnego - ORP "Wilk".
"Ja w tym bajorku dłużej siedzieć nie będę" - miał jeszcze zakomunikować Kłoczkowski, który 4 września zanotował w dzienniku pokładowym: "(...) postanowiłem odejść od strefy zagrożonej, z zamiarem szukania transportów nieprzyjaciela z ZSRR, któreby przechodziły przez obszary mniej strzeżone i umożliwiające akcję OP".