Kariera naukowa stała przed nim otworem
Był wyróżniającym się studentem i już w wieku 20 lat ukończył tam studia, a niedługo potem zrobił doktorat z matematyki na Uniwersytecie Michigan. Obronił doktorat, zajmując się skomplikowanymi problemami z dziedziny matematyki, z których rozwikłaniem nawet najlepsi matematycy w kraju mieli problem. Tym, co pochłaniało go bez reszty, była analiza zespolona oraz geometryczna teoria funkcji. Jego profesorowie byli pod wielkim wrażeniem zarówno jego możliwości intelektualnych, jak i zapału do pracy. "Był niezwykłą osobą. Nie był taki sam, jak inni absolwenci. Był dużo bardziej skupiony na swojej pracy, miał parcie, by odkrywać matematyczną prawdę" - powiedział cytowany przez dziennik "The Seattle Times" jeden z jego profesorów. Kaczynski szybko zaczął zdobywać liczne nagrody i publikować w najbardziej prestiżowych czasopismach naukowych.