Był dwa razy aresztowany
Wybuch wojny zastał o. Maksymiliana w Niepokalanowie. Do klasztoru powrócił po czteroletniej działalności misyjnej w Japonii. Kolbe, który z domu wyniósł nie tylko głęboką wiarę, ale też gorący patriotyzm, już w pierwszych dniach wojny przekształcił klasztor w miejsce schronienia dla żołnierzy rannych w kampanii wrześniowej. Niepokalanów stał się także ośrodkiem, w którym udzielano pomocy ludności cywilnej, m.in. grupie 1,5 tysiąca Żydów, których Niemcy wysiedlili z włączonej do Rzeszy Wielkopolski. Warto pamiętać o tym, gdy zarzuca się o. Maksymilianowi antysemityzm.
Działalności franciszkanów z uwagą przyglądały się władze okupacyjne. Niemcy wiedzieli dobrze, że Niepokalanów to nie tylko klasztor, ale także silna ostoja polskości.
19 września 1939 roku o. Kolbe został po raz pierwszy aresztowany. Po wyjściu na wolność zorganizował w klasztorze ośrodek pomocy dla okolicznej ludności.
17 lutego 1941 roku aresztowano o. Maksymiliana po raz drugi. To zatrzymanie zakończyło się śmiercią.