Przyczyny organiczne są związane z nieprawidłowościami i uszkodzeniami naczyń i ciał jamistych prącia, niektórymi zaburzeniami neurologicznymi i hormonalnymi, chorobami (na przykład cukrzyca, stwardnienie rozsiane, urazy rdzenia kręgowego, nadciśnienie tętnicze, choroby serca, nerek), zabiegami chirurgicznymi gruczołu krokowego. Czynniki organiczne powodujące zaburzenia erekcji to także, między innymi: obniżenie się poziomu testosteronu, rak prostaty i inne schorzenia gruczołu krokowego.