Z Lublina do Warszawy
W 1946 roku został mianowany biskupem ordynariuszem diecezji lubelskiej. Sakrę biskupią otrzymał z rąk prymasa Augusta Hlonda. Włodarzem Lublina nie był długo, bo niespełna dwa lata. Już w 1948 roku, po śmierci kardynała Hlonda, papież Pius XII mianował go prymasem Polski i arcybiskupem metropolitą gnieźnieńskim i warszawskim.
Stefan Wyszyński stanął na czele polskiego Kościoła w okresie wzmagającej się fali represji stalinowskich. Komunistyczna władza - po likwidacji legalnej opozycji politycznej i rozprawieniu się ze zbrojnym podziemiem - nie kryła, że "następny w kolejce" jest właśnie Kościół.
Na represje młody prymas nie musiał długo czekać.
Jeszcze w 1948 roku władze zamknęły "Tygodnik Warszawski" - katolickie pismo dla inteligencji, głoszące program chrześcijańsko-demokratyczny i pozostający w ostrej kontrze do marksizmu. Redaktorzy periodyku trafili do więzienia.