Zbrodnie SB często szły na konto MO
Po przełomie, który wyniósł ponownie do władzy Gomułkę i z lekka zliberalizował ustrój komunistyczny (władza zrezygnowała z chęci budowy "kołchozów" na wsi i ograniczyła prześladowania Kościoła - z internowania wyszedł prymas Stefan Wyszyński), MO zdobyła pozycję dominującą nad bezpieką. Służba Bezpieczeństwa aż do swego niesławnego końca w 1990 roku działała odtąd pod przykrywką MO. W Komendach Milicji Obywatelskiej utworzono stanowiska zastępców komendantów MO do spraw SB.
Takie rozwiązanie pozwoliło "ukryć" bezpiekę, ale nie poprawiło obrazu MO w społeczeństwie. Wszystkie niegodziwości, zbrodnie, prowokacje SB spadały także na tę formację. Tak było z wydarzeniami marcowymi w 1968 roku, wydarzeniami grudniowymi 1970 roku i represjami po nich, strajkami w Ursusie i Radomiu w 1976 roku, stanem wojennym w 1981 roku...
Oczywiście w szeregach MO znajdowali się także ludzie pragnący uczynić z milicji normalną strukturę policyjną. Ich działania przyniosły powstanie, po sierpniu 1980 roku, niezależnego związku funkcjonariuszy MO. Organizacja ta nigdy nie została jednak uznana przez władze PRL, a jej działaczy represjonowano po 13 grudnia 1981 roku.